Biólogo de la Universidad de Los Andes. Máster en Planificación del Desarrollo Regional y Urbano del CIDER y Doctor en Ciencias Naturales de la Universidad de Ámsterdam. Trabaja el conocimiento y conservación de la Amazonia colombiana desde 1981 en temas relacionados con el manejo del bosque tropical por comunidades indígenas en conjunto con su esposa, la antropóloga María Clara van der Hammen, con quien ha publicado una serie de artículos y libros sobre el manejo de recursos naturales con énfasis en monitoreos comunitarios del uso de la fauna silvestre, la pesca de autoconsumo y la pesca comercial de los grandes bagres en la Amazonia colombiana.
En el 2018 fue ganador del Premio Alejandro Ángel Escobar por el trabajo Piraiba: Ecología ilustrada del gran bagre del Amazonas, en coautoría con Luis Ángel Trujillo, un pescador local, y Confucio Hernández, un artista indígena Uitoto que realizó más de un centenar de ilustraciones para este estudio y publicación. Se destacan sus contribuciones al reconocimiento amplio de los saberes tradicionales y locales y el apoyo y difusión del mismo a través de múltiples escenarios como presentaciones, exhibiciones de arte, participación en seminarios y un alto número de publicaciones con autoría de indígenas y de campesinos. Igualmennte ha aportado al desarrollo del arte indígena como lo refleja el apoyo permanente al talento de los conocedores tradicionales, entre ellos Abel Rodríguez, de la etnia Nonuya, ganador del premio Prince Claus de la corona holandesa en 2014.
Carlos Rodríguez ha promovido el diálogo de saberes entre la academia y el conocimiento tradicional y local estableciendo una plataforma que puede ser vista como un museo vivo para la interacción permanente con el mundo indígena amazónico con colecciones curadas de cultura material, sus expresiones, significados y alta estética. Entre los proyectos más recientes se encuentra el Museo de la Madera o Museo del Bosque Tropical, una estrategia visual y pedagógica para conocer los secretos de la selva a través de una magnífica colección de muestras de madera con más de 400 especies de árboles del bosque, ilustradas en detalle por jóvenes indígenas y con una serie de al menos 150 ilustraciones adcionales con las relaciones ecológicas de cada árbol y su fauna asociada.
Por otra parte, es miembro del comité editorial de la revista Colombia Amazónica y de otras revistas científicas así como profesor invitado en las universidades Nacional, Javeriana y Tadeo Lozano. En la actualidad es director de Tropenbos Colombia, una ONG que busca contribuir con el buen manejo y conservación del bosque a través de la investigación local, investigación académica, la comunicación y el arte y mediante la promoción del diálogo de saberes. A través de su gestión en esta organización, ha hecho aportes en propuestas de educación para los pueblos indígenas y la generación de alternativas productivas para el bosque tropical, como la restauración productiva participativa.